Am 1. November 1897 wurde die Lokalbahn Neuhaus–Neubistritz (Jindřichův Hradec–Nová Bystřice) und am 24. Dezember 1906 die Lokalbahn Neuhaus–Wobratain (Jindřichův Hradec–Obrataň) eröffnet. Die Betriebsführung auf beiden Bahnen übernahmen die kkStB, die kaiserlich-königlichen Staatsbahnen. Mit der Gründung der Tschechoslowakischen Staatsbahnen (ČSD) im Herbst 1918 ging auch die Betriebsführung an diese über. Zum 1. Januar 1925 wurden die beiden Lokalbahnen verstaatlicht. Damit wurden die ČSD auch Eigentümer der Infrastruktur. Diese bemühten sich in der Folgezeit um eine Modernisierung der Strecke. Ab den 1930er-Jahren wurden in verkehrsschwachen Zeiten Triebwagen eingesetzt. Die ČSD setzten in den 1950er Jahren die bereits vor dem Zweiten Weltkrieg begonnen Modernisierungsbemühungen fort. Die betagten Dampflokomotiven wurden durch Diesellokomotiven abgelöst, für den Personenverkehr wurden in den 1960er Jahren neue Wagen beschafft. Später kam es auch zu einer durchgreifenden Erneuerung der Gleisanlagen, sodass die zulässige Streckengeschwindigkeit durchgängig auf 50 km/h angehoben werden konnte.
Trotz des geringen Verkehrs blieb der Südast nach Neubistritz bis in die 1990er Jahre unverändert in Betrieb. Erst infolge der geänderten politischen Rahmenbedingungen ab 1990 wurde die Existenz der Strecke in Frage gestellt. Im Fahrplan 1995/96 fuhr im Winterhalbjahr nur noch ein „Alibizugpaar“ an den Wochenenden, montags bis freitags ruhte der Verkehr. Nur im Sommer fand ein dichterer Verkehr mit insgesamt vier Zugpaaren statt. Im Sommerhalbjahr verkehrte zudem ein historischer Zug mit Dampflokomotive an Sonntagen. In den folgenden Jahren erfolgten umfangreiche Investitionen in die Infrastruktur. Die alten Anlagen und Gebäude wurden behutsam erneuert, sodass die Strecke heute den Eindruck eines lebendigen Museums macht. Trotz dieses historischen Zustandes wird heute ein reger Reise- und Güterverkehr durchgeführt. Zu einer in Tschechien einmaligen Attraktion hat sich dabei der Museumszugverkehr im Sommer entwickelt. Der historische Zug besteht aus den letzten noch erhaltenen zweiachsigen Wagen und Lokomotiven aus der Zeit der Streckeneröffnung. Am 25. Januar 1997 wurde der Reiseverkehr schließlich eingestellt. Daraufhin bemühte sich die private Jindřichohradecké místní dráhy a.s. (JHMD) um einen Weiterbetrieb in Eigenregie. Diese Bemühungen führten zum Erfolg, sodass ab 20. Juni 1997 wieder Reisezüge fahren konnten. Am 28. Februar 1998 übernahm die JHMD auch die Infrastruktur. Erst Anfang der 1990er Jahre wurde der Betrieb des Nordastes nach Obrataň erstmals in Frage gestellt, zumal die eingesetzten Fahrzeuge zum Teil die Grenze ihrer Lebensdauer erreicht hatten. Im Jahr 1998 wurde die Strecke als eine der ersten in Tschechien privatisiert. Betreiber ist seitdem die Jindřichohradecké místní dráhya.s. (JHMD). Der JHMD gelang durch Straffung der Fahrpläne, Einrichtung von Bedarfshalten und Ausnutzung der Streckenhöchstgeschwindigkeit eine signifikante Verkürzung der planmäßigen Fahrzeiten. Nähere Informationen findet man auf der Homepage der Bahngesellschaft JHMD